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Python怎么使用defaultdict读取文件各列
时间:2017-05-14 编辑:简简单单 来源:一聚教程网
本文实例讲述了Python使用defaultdict读取文件各列的方法。分享给大家供大家参考,具体如下:
代码如下 | 复制代码 |
#!/usr/bin/python """USAGE: python *.py align_SNP_site out_file""" importsys #import time fromcollectionsimportCounter #t0=time.clock() info=open(sys.argv[1]) fast=sys.argv[2] d_c={} d1={} d2={} forlineininfo: cols=line.strip().split("\t") ifcols[0]=="SNP pattern": continue else: d1.setdefault(cols[4],[]).append(cols[1]) d2.setdefault(cols[7],[]).append(cols[1]) #d1.setdefault(cols[0],[]).append(cols[5]) #d2[cols[0]] = "\t".join(cols[0:3]) info.close() printlen(d1) printlen(d2) my_list=[] ref_fa=open("some_example.fasta",'r') foriinref_fa.readlines(): ifi.startswith(">"): my_list.append(i.rstrip()) ref_fa.close() printlen(my_list) #sys.exit() result=open(fast,'w') fork,vind1.iteritems(): cnt1=Counter(v) #print cnt1 result.write("%s\t"%k) foriinsorted(cnt1.items(), key=lambdax: x[1], reverse=True): result.write("%s\t%d\t"%(i[0],i[1])) result.write("\n") fork,vind2.iteritems(): cnt2=Counter(v) #print cnt2 result.write("%s\t"%k) foriinsorted(cnt2.items(), key=lambdax: x[1], reverse=False): result.write("%s\t%d\t"%( i[0],i[1])) result.write("\n") #t1=time.clock() #print (t1-t0) |
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