一聚教程网:一个值得你收藏的教程网站

最新下载

热门教程

利用Python来实现简单过滤文本段

时间:2017-05-25 编辑:简简单单 来源:一聚教程网

本文实例讲述了Python实现简单过滤文本段的方法。分享给大家供大家参考,具体如下:

一、问题:

如下文本:

 

 文本如下

## Alignment 0: score=397.0 e_value=8.2e-18 N=9 scaffold1&scaffold106 minus

 0- 0:  10026549  10007782   2e-75

 0- 1:  10026550  10007781   8e-150

 0- 2:  10026552  10007780   1e-116

 0- 3:  10026555  10007778    0

 0- 4:  10026570  10007768    0

 0- 5:  10026579  10007758   4e-15

 0- 6:  10026581  10007738   2e-44

 0- 7:  10026587  10007734   9e-145

 0- 8:  10026591  10007732   2e-147

## Alignment 1: score=2304.0 e_value=1e-164 N=47 scaffold1&scaffold107 minus

 1- 0:  10026836  10007942   2e-84

 1- 1:  10026839  10007940    0

 1- 2:  10026840  10007938    0

 1- 3:  10026842  10007937   9e-82

 1- 4:  10026843  10007935   7e-79

 1- 5:  10026847  10007933   3e-119

 1- 6:  10026850  10007932   2e-87

 1- 7:  10026854  10007928   5e-22

 1- 8:  10026855  10007927   3e-101

 1- 9:  10026856  10007925   1e-106

 1- 10:  10026857  10007924    0

 1- 11:  10026858  10007922   9e-123

 1- 12:  10026859  10007921   1e-80

 1- 13:  10026860  10007920   8e-104

 1- 14:  10026862  10007918   4e-25

 1- 15:  10026863  10007917    0

 1- 16:  10026864  10007912   4e-40

 1- 17:  10026865  10007911    0

 1- 18:  10026866  10007910   7e-122

 1- 19:  10026867  10007908   2e-25

 1- 20:  10026868  10007907    0

 1- 21:  10026869  10007905    0

 1- 22:  10026870  10007904   3e-150

 1- 23:  10026871  10007903   5e-77

 1- 24:  10026874  10007901    0

 1- 25:  10026875  10007897    0

 1- 26:  10026876  10007896    0

 1- 27:  10026877  10007894    0

 1- 28:  10026880  10007893   3e-52

 1- 29:  10026881  10007892    0

 1- 30:  10026882  10007891    0

 1- 31:  10026883  10007890    0

 1- 32:  10026886  10007889   1e-50

 1- 33:  10026887  10007888   6e-157

 1- 34:  10026888  10007887    0

 1- 35:  10026889  10007884    0

 1- 36:  10026890  10007883   2e-18

 1- 37:  10026891  10007882   9e-64

 1- 38:  10026892  10007881    0

 1- 39:  10026895  10007880    0

 1- 40:  10026898  10007875    0

 1- 41:  10026900  10007874    0

 1- 42:  10026901  10007873    0

 1- 43:  10026902  10007871   2e-123

 1- 44:  10026903  10007870    0

 1- 45:  10026905  10007869    0

 1- 46:  10026909  10007868   1e-81

## Alignment 2: score=811.0 e_value=3.3e-43 N=17 scaffold1&scaffold111 minus

 2- 0:  10026595  10007449   6e-40

 2- 1:  10026599  10007448   4e-90

 2- 2:  10026600  10007447    0

 2- 3:  10026601  10007444   9e-55

 2- 4:  10026603  10007438   4e-78

 2- 5:  10026604  10007434   9e-122

 2- 6:  10026606  10007432   2e-162

 2- 7:  10026607  10007427    0

 2- 8:  10026608  10007426    0

 2- 9:  10026612  10007417    0

 2- 10:  10026613  10007415   8e-128

 2- 11:  10026614  10007414   3e-64

 2- 12:  10026615  10007409    0

 2- 13:  10026616  10007406    0

 2- 14:  10026617  10007403   1e-171

 2- 15:  10026618  10007402    0

 2- 16:  10026619  10007397   7e-18

........

 

要求:如果Alignment后面少于20行,把整个的去掉

二、实现方法:

 

 代码如下复制代码

python代码:

#!/usr/bin/python

sum=0

sumdata=[]

FD=open("/root/data.txt","r")

line=FD.readline()

whileline:

 ifline.find("Alignment")==3:

 ifsum>=20:

 foriinsumdata:

 printi,

 sum=0

 sumdata=[line]

 else:

 sum=sum+1

 sumdata.append(line)

 line=FD.readline()

 iflen(line)==0:

 ifsum>=20:

 foriinsumdata:

 printi,

 

附:

perl代码

 

 代码如下复制代码

#!/usr/bin/perl

open(FD,"/root/data.txt");

while(){

  if($_=~ /Alignment/){

    if($sum>= 20){

      print@sumdata;}

    $sum=0;

    @sumdata=($_);}

  else{

    $sum++;

    push(@sumdata,$_);}

}

print@sumdataif$sum>=20;

close(FD);

 

热门栏目